Jeder Fluss kann in seinem Verlauf in drei Zonen eingeteilt werden: Oberlauf, Mittellauf und Unterlauf. Der Oberlauf beginnt an der Quelle des Flusses, wo das Wasser an die Erdoberfläche tritt. Dort fließt das Wasser sehr schnell und meist ein sehr starkes Gefälle hinunter. Dadurch kommt es zu einem Vorgang, der Erosion genannt wird. Erosion findet statt, wenn durch die Kraft des Wassers kleine Steinpartikel von Felsen abgeschliffen und fortgetragen werden. Über Jahrtausende schleift sich so das Flussbett in den Fels und wird immer tiefer. Wenn der Fluss in flachere Ebenen gelangt, fließt er langsamer und die mitgetragenen Partikel werden am Boden abgelegt. Statt diese Steine weiterzutragen, werden vermehrt an den Seiten des Flusses Steinchen und andere Partikeln fortgetrieben. Durch diese Seitenerosion entsteht dann ein schlangenförmiger Flussverlauf. Nahe der Mündung spricht man dann vom Unterlauf des Flusses. Das Wasser wird noch langsamer transportiert, der Fluss wird breiter und es bilden sich Verzweigungen, zwischen denen Auenlandschaften entstehen.
In einem einzigen Fluss können viele unterschiedliche Fische leben, weil seine Zonen unterschiedliche Lebensbedingungen bieten. Im Oberlauf eines Flusses leben viele Forellen, dort gibt es wenig Nahrungsstoffe, aber viel Sauerstoff im Wasser. Barben leben im Mittellauf eines Flusses und Flundern vor allem im Unterlauf, wo es zwar wenig Sauerstoff gibt, aber viele Nährstoffe vorhanden sind. Einige Fischarten verlassen auch für eine Zeit den Fluss und leben stattdessen im Meer.
Schnecken, Insekten, Krebse, Muscheln, Algen, Biber, Fischotter, Moose und Bakterien – auch viele weitere Lebewesen leben in und an Flüssen. Wie auch in anderen Ökosystemen sind sie voneinander abhängig und versorgen einander. Pflanzen produzieren Sauerstoff und sind Nahrung für Tiere wie kleine Fische, Krebse und Schnecken. Diese wiederum werden von Fleischfressern (z.B. großen Fischen wie dem Zander oder der Bachforelle) gegessen. Wenn Tiere oder Pflanzen sterben, werden sie von Bakterien zersetzt, die so die Nahrung für Pflanzen herstellen. Jede Art hat eine bevorzugte Nahrung und einen bevorzugten Lebensort, sodass sie besser nebeneinander leben können. Bestimmte Fische leben z.B. lieber zwischen den Steinen am Ufer, andere bevorzugen den Boden des Flusses.
Das Leben in Flüssen hat für alle Lebewesen einen großen Vorteil: Durch das ständig fließende Wasser werden immer Sauerstoff und Nahrung herangetragen. Trotzdem gibt es eine Herausforderung zu stemmen: nämlich die, einen Lebensraum aufzubauen und nicht von der Strömung ins Meer getragen zu werden. Algen haben sich an dieses Leben angepasst, indem sie sehr biegsame Stiele entwickelt haben, zusammen mit Blättern, die der Strömung wenig Widerstand bieten. Moos kann sich sehr stark an den Steinen im See verankern. Fische, die in Flüssen leben, haben die Fähigkeit, schnell und ausdauernd gegen eine starke Strömung zu schwimmen. Außerdem leben sie meistens nahe dem Ufer oder am Boden des Flusses, wo die Strömung nicht so stark ist.
Es gibt auch Fließgewässer, die vom Menschen geschaffen wurden. Diese nennt man Kanäle. Fließwasserkanäle sind für Bewässerung oder Schifffahrt, Energiegewinnung oder Wasserumleitung gebaut worden. Der bekannteste Kanal in Deutschland ist der Nord-Ostseekanal; er ist weltweit einer der wichtigsten Kanäle. Auch in Kanälen leben Fische und Pflanzen, aber durch die Schifffahrt können sie sehr gestört werden, z.B. durch Verschmutzung des Wassers und fehlender Ruhe für die Fischeier.